La collezione fu iniziata a Milano ad opera del giornalista e storico Alfredo Comandini (Faenza 1853-Milano 1923).
Alla sua morte, fu il cugino Ubaldo (Cesena 1869-Roma 1925) ad assumere la cura della raccolta, successivamente ampliata e trasferita a Roma dal figlio Federico (Cesena 1883-Roma 1967).
Egli, insieme al fratello Giacomo (Cesena 1896-1971), volle destinare per testamento al Comune di Cesena la biblioteca, arredi e schedario compresi.
Il 15 marzo 1970, anniversario della morte di Federico, è la data ufficiale dell'inaugurazione della Comandini nei locali dell'ex Refettorio francescano.
Il monumentale arredo è stato completato nella tarda primavera 2011, con i mobili, libri e suppellettili dello studio legale di Federico, grazie alla volontà dei nipoti Raffaele e Federico de Luca Comandini.

Il fondo comprende oltre 15000 volumi e quasi altrettanti opuscoli, 692 monete, 966 medaglie, 4600 stampe, 479 manoscritti, e inoltre disegni, fotografie, cartoline illustrate, dipinti e sculture.
Contiene anche 1193 annate o frazioni di annate di 397 quotidiani e 1518 testate di periodici.

Bibliografia
I quotidiani del Fondo Comandini, a cura di G. Bologna, G. Boni, P. Errani, Cesena, Centro stampa del Comune, 1989.
I periodici del Fondo Comandini, repertorio di R. Turci ; revisione, cura, indici di G. Bologna, G. Boni, P. Errani, Cesena, Centro stampa del Comune, 1991. 
L'Italia nei Cento anni. Libri e stampe della biblioteca di Alfredo Comandini, a cura di G. Benassati e D. Savoia, Bologna, Grafis, 1998.
D. Savoia, La Biblioteca di Alfredo Comandini, "Memoria e ricerca", 6 (1998), n. 2, pp. 165-175.

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Vedi anche:

--> raccolta stampe Comandini
--> fondo fotografico Comandini
--> le medaglie della collezione Comandini