La Biblioteca Malatestiana conserva 327 incunaboli e circa 3900 edizioni del XVI secolo. La maggior parte di questi volumi provengono dalla istituzioni religiose soppresse in parte in epoca napoleonica e in parte per decreto regio nel 1866.
Alcuni invece che contengono opere di autori cesenati vennero collocati e restano ancora oggi incatenati ai plutei della antica Sala Nuti, a rappresentare la letteratura cittadina: Benedetto da Cesena con il suo poemetto De honore mulierum (1500), Carlo Verardi, Histoira Baetica (1492), l’Invectiva di Marcellino Verardi (1493), le opere di Jacopo Mazzoni difensore di Dante Alighieri e quelle dell’avversario di Galileo Galilei, Scipione Chiramonti (sec. XVI), per fare solo alcuni esempi.

I volumi dei sec. XV e XVII conservati nella Sala Nuti con i manoscritti di Malatesta Novello sono descritti in parte nel catalogo online Scoprirete e in Paola Errani, Non solo codici.
Le edizioni a stampa dal XV al XVIII secolo conservate nella Biblioteca Malatestiana, Cesena, Stilgraf, 2010 (Quaderni degli Studi Romagnoli, 28)
Gli incunaboli sono descritti nel volume di Paola Errani – Marco Palma, "Incunaboli a Cesena", Roma, Viella, 2019 (Incunaboli, 3) e in parte (anche se in forma incompleta) nel catalogo internazionale online.

Le cinquecentine sono catalogate in Catalogo ScopriRete, da cui sono confluite nel Censimento nazionale delle edizioni italiane del XVI secolo