Nipote di Giovan Battista Bertucci il Vecchio, fu allievo e nipote di Giacomo Bertucci, detto Jacopone da Faenza, col quale si trasferì a Roma dal 1560 al 1564 per partecipare all'importante impresa di decorazione delle Logge Vaticane.
Tornato a Faenza decorò ad affresco il fornice della chiesa dei Padri Celestini ma poco dopo incorse, come lo zio Giacomo, in una condanna per eresia dalla quale si salvò abiurando solennemente il 21 agosto 1569. Nel 1575 dipinse il soffitto della chiesa di San Giovanni Battista a Faenza in collaborazione con lo zio ed il conterraneo Giulio Tonducci.
Proseguì la collaborazione con lo zio e iniziò la sua attività indipendente solo alla morte di quest'ultimo, continuando a riproporre, senza sostanziali innovazioni, uno stile tardo-manierista provinciale.
L'attività indipendente di Giovan Battista Bertucci il Giovane cominciò nel 1580: di quegli anni sono la Beata Vergine incoronata coi Santi Girolamo e Francesco e ritratto del committente, già nella chiesa di Santa Maria del Paradiso a Faenza ed ora nella Raccolta Piancastelli dei Musei civici di Forlì; la Madonna col Bambino fra i Santi Mattia e Agata, già in Santa Maria del Trivios a Lugo, ora in San Francesco di Paola; l’Orazione nell'orto, tavola nella chiesetta di Santa Croce a Brisighella; la Natività di Maria Vergine, tela nella Pinacoteca comunale di Faenza.
Fu operosissimo fino alla morte. Negli ultimi decenni della sua vita dipinse moltissime tele per le chiese faentine e divenne celebre anche come ritrattista.
