I Frati minori, stabilitisi a Cesena a partire dal 1250 intrapresero la costruzione del convento, in un'area all'epoca marginale rispetto all'aggregato urbano, e di una nuova chiesa dedicata a S. Francesco.
La Biblioteca, fu costruita nell'ambito conventuale per volere dei Frati minori e per munificenza di Malatesta Novello, signore di Cesena dal 1429 alla morte (1465), su progetto di Matteo Nuti da Fano che iniziò l'opera nel 1447 e la compì nel 1452.
La sala ha conservata la sua integrità originaria, tanto da costituire oggi un unicum per questo tipo di biblioteca. Al piano terra trova sede la Biblioteca Comunale, ricca di oltre 400.000 volumi.
Nel retro della Malatestiana, lo spazio del Chiostro di S. Francesco ospita la Biblioteca dei Ragazzi, l'Archivio di Stato e, nell'ex refettorio francescano, il Museo Storico dell'Antichità.
